Непосредно након оснивања Завода, у почетном периоду примене Закона о заштити споменика културе и природњачких реткости, донета су и прва акта о заштити природних вредности, заштићени су објекти живе и неживе природе, што је представљало израз јединства и јединствености природе Србије. На предлог Природњачког музеја, заштићен је Природни резерват „Острозуб“, првенствено због присуства стеноендемично реликтне биљне врсте зеленичета или ловорвишње (Prunus laurocerasus). Прво Решење о заштити Завод за заштиту и научно проучавање природних реткости донео је 1949. године, и оно се односило на заштиту водопада Велика и Мала Рипаљка на планини Озрен код Сокобање.

Првих година рада Завода послове заштите природе обављала је екипа од свега три стручњака, да би се, временом, Завод развијао као установа, али и усмеравао своју активност према заштити подручја, а не само заштити природних реткости, како је то у почетку установљено. Развијајући своје кадровске, организационе и инфраструктурне капацитете, временом је прерастао у данашњи Завод за заштиту природе Србије.

Садашња организација и оквир делатности Завода установљени су 1. априла 2010. године Одлуком Владе Републике Србије, на основу које је Завод организован са седиштем у Београду и Канцеларијом у Нишу. Дотадашња Радна јединица Завода у Новом Саду трансформисана је у Покрајински завод за заштиту природе, који је надлежан за заштиту природе на територији АП Војводине.

Дана 09. маја 2018. године, Завод за заштиту природе Србије је у Српској академији наука и уметности у Београду обележио 70 година рада и институционалне заштите природе у Србији. Исте године Завод је обележио још један значајан јубилеј – 20 година рада Канцеларије у Нишу, којом је проширена организациона мрежа институционалне заштите природног наслеђа у нашој земљи.

Поред теренских истраживања, пројеката заштите биодиверзитета и геодиверзитета, и других послова на заштити природе, Завод води јединствени Информациони систем за заштиту природе, Регистар заштићених природних добара, сакупља богату стручну литературну грађу у оквиру библиотеке отворене за јавност, издаје часопис „Заштита природе“ и друга штампана и електронска издања, организује образовне програме, промотивне манифестације и друго.

У оквиру вишедеценијске делатности Завода посебна пажња се одувек посвећивала успостављању и развијању сарадње са међународним организацијама и институцијама, научним и стручним установама, управљачима заштићених природних добара других земаља, као и бироима међународних конвенција, а са циљем размене искустава и знања у области заштите природе, као и примене савремених међународних принципа и стандарда у стратегији заштите природе Србије.

Завод је члан неколико најзначајнијих међународних организација за заштиту природе: Међународне уније за заштиту природе (International Union for Conservation of Nature – IUCN), Федерације паркова Европе (Europarc Federation) и Европске асоцијације за конзервацију геолошког наслеђа (The European Association for the Conservation of the Geological Heritage – ProGEO). Нарочито се успоставља и развија сарадња са државним, стручним и другим организацијама и институцијама у Словенији, Хрватској, Словачкој, Црној Гори, Северној Македонији и Републици Српској у оквиру Босне и Херцеговине. Завод, такође, учествује у Европској мрежи директора агенција за заштиту природе (ENCA – The European Nature Conservation Agency Heads Network), UNESCO-овој Светској мрежи геопаркова (UNESCO Global Geoparks Network), UNESCO-овом MаB програму „Човек и биосфера“ (Man and Biosphere), сарађује са PROWILDLIFE организацијом из Немачке, Светским фондом за природу (WWF), а учествује и у спровођењу ратификованих међународних конвенција (Рамсарска, Бернска, Бонска, CITES конвенција и Европска конвенција о пределу).

У оквиру сарадње са организацијама и институцијама из других земаља на пољу заштите природе и природних вредности, Завод је учествовао у реализацији низа пројеката који природу Србије укључују у светски систем заштите, као што су пројекти „Успостављање Емералд мреже у земљама југоисточне Европе“ и „Развој Емералд мреже у Републици Србији“, „Заштита биодиверзитета плавне долине басена реке Саве“, „Европски зелени појас“ (European Green Belt), „Динарски лук“ (Dinaric Arc Initiative), као и пројекат успостављања Резервата биосфере „Голија-Студеница“ 2001. године, као првог заштићеног добра у Републици Србији у оквиру UNESCO-овог програма Човек и биосфера (MaB). Завод је, такође, учествовао у поступку номинације делова НП „Фрушка гора“, НП „Тара“ и НП „Копаоник“ за проширену UNESCO-ову листу добара светске баштине, конкретно за добро под називом „Древне и нетакнуте букове шуме Карпата и других региона Европе“, које представља серијско и прекогранично добро светске природне баштине, и тренутно се простире у 12 европских држава. Завод је учествовао и у активностима у поступку номинације НП „Ђердап“ за Европску и Светску мрежу Геопаркова, уз подршку Министарства заштите животне средине и UNESCO-а. Осим наведеног, Завод има и активно учешће у раду Поткомитета MaB-а.

У складу са Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији радних места Завода за заштиту природе Србије, у оквиру Одељења за природна добра, предеоне вредности и просторно-планску документацију обављају се следећи послови везани за природна добра, предеоне вредности и просторно-планску документацију:

• стручни и управни послови на заштити природе, природних вредности, природних добара и предела који се реализују истраживањем, проучавањем и валоризацијом свих природних вредности и одлика и израдом стручно-документационих основа/студија за проглашење заштићених природних добара у циљу предузимања мера и активности на њиховом очувању, заштити, ревитализацији и уређењу;
• послови проучавања деградационих и девастационих појава и промена и предузимања одговарајућих мера у циљу очувања природе и њених највреднијих делова;
• послови на праћењу стања биолошке, геолошке и предеоне разноврсности;
• послови стручног надзора;
• валоризација природних вредности у поступку израде просторних, урбанистичких и других планова (шумских, ловних, риболовних, водопривредних основа и сл.);
• припремање стручних предлога, анализа, експертиза и упутстава за одређивање мера заштите природе и предела у складу са ратификованим међународним уговорима, директивама и конвенцијама;
• достављање мера заштите природе надлежном органу у поступку процене утицаја различитих пројеката на природу или оцене прихватљивости пројеката;
• издавања мишљења о усклађености различитих просторних, урбанистичких и других планова и планске и пројектно-техничке документације са условима заштите природе и предела;
• пружање помоћи управљачима заштићених природних добара, органима локалне самоуправе, удружењима грађана, групама грађана и појединцима на заштити природе, предела и природних добара;
• припремање података и услова заштите природе, као и сарадње са надлежним министарствима, инспекцијама, предузећима, стручним, научним и сродним организацијама;
• учешће у изради законских и подзаконских аката;
• послови инвентара, набавке и архивирања картографске и катастарске документације;
• истраживање и валоризација природних и културних, односно предеоних вредности; • анализа пројектне и планске документације, процена њихове усклађености са мерама заштите природе и утврђивање мера заштите природе за просторне, урбанистичке и друге планове;
• израда студија заштите, као и евидентирање и валоризација природних, културних, односно предеоних вредности и одлика у циљу израде студија заштите;
• вредновање и утврђивање типова предела као заштићених природних вредности и праћење стања значајних карактеристика обележја предела;
• вођење дигиталне базе података о пределу и предеоним вредностима;
• процена очуваности, односно степена угрожености природе и предела и предлагање мера за њихову заштиту и унапређење;
• вршење стручног надзора;
• пружање стручне помоћи и сарадња са управљачима заштићених природних добара, министарствима, органима локалне самоуправе, инспекцијама, предузећима, стручним, научним и сродним организацијама, удружењима грађана, групама грађана и појединцима на заштити природе, предела и природних добара;
• учешће у изради законских и подзаконских аката и спровођење конвенција, директива и међународних уговора које је ратификовала Република Србија“.